В Красной Армии с июля 1941 года. В боях с гитлеровскими оккупантами участвовал с августа 1941 года на Западном, Брянском, Центральном, Белорусском и 1-м Белорусском фронтах. Рядовой, стрелок 7-ой роты 237-го гвардейского стрелкового полка 76-й гвардейской Черниговской стрелковой дивизии 61-й армии Центрального фронта, имел 1 ранение.
В боях при форсировании реки Днепр, в Брагинском районе Гомельской области Белоруссии гвардии красноармеец Семён Афанасьев 29 сентября 1943 года под шквальным огнём неприятеля переправился через реку и гранатами уничтожил две вражеские огневые точки. Преследуя отступающих гитлеровцев, красноармеец Афанасьев уничтожил ещё три огневые точки, с бойцами ворвался в траншеи и выбил из них противника.